EKJA on alates 2003. aastast osalenud erinevates projektides, mille eesmärk on edendada ja tutvustada keskkonnajuhtimise valdkonda Eestis, töötada välja keskkonnajuhtimise vahendeid ning arendada EKJA-t kui organisatsiooni.
Lõppenud projektid ja uuringud:
- 2019 – 2021. a projekt ”Ringmajanduse ja ringdisaini parimad praktikad”. EKJA oli selle projekti oluline huvirühma esindaja.
- 2017. a projekt „ENHANCE – EMAS as Nest to Nurture the Circular Economy“. EKJA oli selle projekti oluline huvirühma esindaja.
- 2015. a projekt „Keskkonnajuhtimissüsteemi rakendamise nõustamisteenuse kvaliteedi parandamine“ (KIK)
- 2012. a projekt „Keskkonnahoidlikke ettevõtete tunnustusskeemi täiustamine“ (KIK)
- 2010. a uuring „Väljastatud keskkonnakomplekslubade kvaliteet Eestis“ (Keskkonnaamet)
- 2009. a projekt „Keskkonnahoidliku ettevõtluse koostöövõrgustiku tõhustamine“ (Norra Vabaühenduste Fond)