EKJA väärtustab koostööd. Selleks on loodud sidemed ja kokkulepped Keskkonnaministeeriumi ja Eesti Kvaliteediühinguga, et ühiselt arendada keskkonnajuhtimise valdkonda.
16. jaanuaril 2016 sõlmisid Keskkonnaministeerium ja EKJA vaba tahte lepingu, mille eesmärk on vähendada ettevõtete ja organisatsioonide tegevusest tulenevat negatiivset mõju keskkonnale.
Vaba tahte lepingu olulisemad punktid:
2015. aastal sõlmis EKJA ja Eesti Kvaliteediühing koostöölepingu, et edendada ja soodustada ettevõtete terviklikku juhtimist ja suurendada ettevõtjate teadlikkust kvaliteedi- ja keskkonnavaldkonnast.
Koostöö raames korraldatakse teemakohaseid koolitusi, teabepäevi, osaletakse töögruppides ja ühisprojektides ning jagatakse organisatsioonide vahel ajakohast teavet.