EKJA väärtustab koostööd. Selleks on loodud sidemed ja kokkulepped Keskkonnaministeeriumi ja Eesti Kvaliteediühinguga, et ühiselt arendada keskkonnajuhtimise valdkonda.

16. jaanuaril 2016 sõlmisid Keskkonnaministeerium ja EKJA vaba tahte lepingu, mille eesmärk on vähendada ettevõtete ja organisatsioonide tegevusest tulenevat negatiivset mõju keskkonnale.
Vaba tahte lepingu olulisemad punktid:
- KeM edastab EKJA-le õigusloomealase teabe, mille alusel koostatakse iga-aastane tegevuskava. Lisaks õigusloomele sisalduvad tegevuskavas ka muud EKJA jaoks prioriteetsed teemad.
- EKJA ergutab oma liikmeid pidevalt täiustama keskkonnategevust, sh rakendama ja arendama keskkonnajuhtimissüsteeme (ISO 14001, EMAS), parimat võimalikku tehnikat, säästva tootmise ja tarbimise ning tervikliku tootepoliitika suunalist tegevust.
- EKJA informeerib KeM-i antud lepingu kontaktisikut regulaarselt oma tegevusest ning arengutest keskkonnajuhtimise ja -korralduse valdkonnas ning annab tagasisidet lepingu täitmisel tekkinud takistustest.
- EKJA informeerib KeM-i antud lepingu kontaktisikut oma liikmete esilekerkivatest probleemidest Keskkonnaministeeriumi vastutusvaldkonnas.
- KeM edendab vabatahtlikke keskkonnajuhtimise meetmeid kaasates võimalusel EKJA kogemused ja praktika.
- Pooled vahetavad infot ja teevad koostööd keskkonnaalaste konkursside (“Aasta Keskkonnasõbralik Ettevõte” jms konkursid) läbiviimisel.

2015. aastal sõlmis EKJA ja Eesti Kvaliteediühing koostöölepingu, et edendada ja soodustada ettevõtete terviklikku juhtimist ja suurendada ettevõtjate teadlikkust kvaliteedi- ja keskkonnavaldkonnast.
Koostöö raames korraldatakse teemakohaseid koolitusi, teabepäevi, osaletakse töögruppides ja ühisprojektides ning jagatakse organisatsioonide vahel ajakohast teavet.